Agora que temos nosso ambiente configurado e já sabemos editar os chunks (trechos de códigos), poderemos utilizar a tabela com casos notificados de dengue para produzir gráficos e gerar outras tabelas.

Para incluir gráficos que serão gerados de forma automática pelo R em seu documento, você deverá inserir o script abaixo, após o subtítulo ### 1. Distribuição de casos por semana epidemiológica, com os comandos que produzirão o gráfico. Tudo isso deverá estar dentro do trecho de código (chunk) do seu documento, aquele delimitado por três acentos graves. Veja o código que iremos utilizar para produzir o gráfico e cole em seu arquivo .Rmd:

grafico_1 <- dengue |>
  
  # Contando número de casos por ano e semana epidemiológica
  count(ano_epi, sem_epi) |>
  
  # Plotando visualização de gráfico por ano e semana epidemiológica
  ggplot(aes(x = sem_epi, y = n, color = factor(ano_epi) )) +
  
  # Adicionando linhas
  geom_line() +
  
  # Adicionando pontos
  geom_point() +
  
  # Aplicando novo tema para o gráfico
  theme_minimal() +
  
  # Adicionando rótulo para o eixo x
  xlab("\nSemana epidemiológica") +
  
  # Adicionando rótulo para o eixo y
  ylab("") +
  
  # Definindo o título da legenda
  scale_color_discrete("Ano") +
  
  # Definindo o intervalo de valores dos rótulos do eixo x
  scale_x_continuous(breaks = c(1, seq(5, 50, 5)))
  grafico_1

Pronto, agora verifique se seu arquivo .Rmd está semelhante ao apresentado na Figura 54. Nela você poderá observar que inserimos estes códigos após o subtítulo ### 1. Distribuição de casos por semana epidemiológica. Veja a seguir:

Figura 54: Incluindo gráfico script após o subtítulo do relatório.

Agora renderize o seu documento: clique no botão knit e gere um documento final do tipo .html que será semelhante ao apresentado na Figura 55.

Figura 55: Renderização do script com inclusão de gráfico.

Observe na Figura 55 que o documento apresentará tanto o código quanto o output deste código, ou seja, o gráfico. Conforme vimos anteriormente, devemos incluir o argumento echo = FALSE (Figura 56) no início do trecho de código para que ele apresente somente o gráfico, dando uma estrutura de relatório a ele. Observe a Figura 56 abaixo:

Figura 56: Renderização do script com a inclusão do argumento echo = FALSE na configuração do chunk.

Repita o processo e gere um novo arquivo do tipo .html clicando no botão knit no menu superior do R. Perceba que você obterá como resultado um documento semelhante ao apresentado na Figura 57, ou seja, você verá que o código foi omitido e que agora só conseguimos visualizar o gráfico que criamos.

Figura 57: Renderização do script com a inclusão do argumento echo = FALSE para produção gráfica.