Pacotes (packages, em inglês) são bibliotecas contendo funções e dados para o uso no R. Muitas vezes eles têm como fim atender finalidades específicas.

Ao instalar o R pela primeira vez, diversos pacotes básicos serão instalados e carregados de forma automática na primeira sessão. Durante este curso, iremos instalar diversos pacotes com finalidades específicas para análise de dados epidemiológicos.

O uso destes pacotes é um dos motivos do grande sucesso e flexibilidade do R, visto que usuários do mundo todo trabalham atualmente para desenvolver novos pacotes que atendam necessidades específicas de seus usuários. Em especial, nos últimos anos foram desenvolvidos diversos pacotes que contribuem consideravelmente para o trabalho com dados de saúde pública e vigilância epidemiológica.

Pacotes novos podem ser instalados e carregados no R de diferentes maneiras: via RStudio ou via comandos previamente descritos em um script. Além disso, a instalação pode ocorrer por meio de repositórios online ou arquivos locais. Neste curso, iremos aprender como instalar pacotes a partir de repositórios online.

Para instalar e carregar pacotes pelo RStudio, verifique a tela no canto inferior direito e escolha a aba Packages.Esta aba irá apresentar uma lista com todos os pacotes disponíveis e instalados em sua máquina, assim como uma breve descrição do pacote e sua versão atual (Figura 12).

Para carregar um pacote basta selecionar a caixa ao lado esquerdo do nome do pacote. A instalação de um novo pacote é feita pela seleção do botão “Install”. Ao clicar neste botão, o RStudio irá abrir uma pequena caixa. Caso queira instalar a partir de um repositório online, na primeira caixa Install frommantenha a seleção Repository (CRAN) e na caixa abaixo digite o nome do pacote a ser instalado, conforme exemplificado na Figura 13.

A forma mais comum de instalação de um pacote é pela linha de comando, utilizando a função install.packages(). Para isto, você deve utilizar como argumento o nome do pacote entre aspas. Veja o script abaixo, com o comando utilizado para instalar o pacote epitools para análises epidemiológicas:

#Instalando o pacote epitools para análises epidemiológicas                         
install.packages("epitools")

Após instalar um pacote, para utilizá-lo em uma análise você deve carregá-lo em sua sessão atual. Para isso, digite em seu RStudio a função library(), conforme abaixo:

#Carregando o pacote epitools instalado anteriormente                               
library("epitools")

ATENÇÃO

Ao fechar o RStudio, ele iniciará uma nova sessão em R e os pacotes carregados anteriormente não estarão mais carregados. Logo, deve-se sempre carregar os pacotes necessários para o seu trabalho, logo no início do seu script!!! Os comandos de acionamento de pacotes devem estar presentes nos seus scripts.

Para verificar quais pacotes estão carregados em sua área de trabalho, é possível digitar o comando sessionInfo() no painel Console.

O comando sessionInfo() é utilizado para que seja possível visualizar no painel Console, uma série de informações sobre a sua sessão atual:

• a versão de R utilizada (R version);
• a Plataforma (Platform);
• o seu sistema operacional (Running under).
• os pacotes padrão carregados ao abrir o R (após a linha attached base packages:);
• os pacotes carregados exclusivamente por outro pacote após a linha loaded via a namespace (and not attached):.

Abaixo, vamos mostrar (1) as linhas de comando (códigos) necessárias digitadas diretamente no Console, e (2) seus resultados (outputs) que serão obtidos após a execução do comando. Esse recurso será muito utilizado neste curso. Veja abaixo:

sessionInfo()                                                                       

#> R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)                                                
#> Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
#> Running under: Windows 10 x64 (build 19044)
#> 
#> Matrix products: default
#> 
#> locale:
#> [1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.utf8  LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.utf8   
#> [3] LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.utf8 LC_NUMERIC=C                      
#> [5] LC_TIME=Portuguese_Brazil.utf8    
#> 
#> attached base packages:
#> [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] digest_0.6.29   R6_2.5.1        jsonlite_1.8.0  magrittr_2.0.3 
#>  [5] evaluate_0.15   stringi_1.7.8   cachem_1.0.6    rlang_1.0.4    
#>  [9] cli_3.3.0       rstudioapi_0.13 jquerylib_0.1.4 bslib_0.4.0    
#> [13] rmarkdown_2.14  tools_4.2.1     stringr_1.4.0   xfun_0.31      
#> [17] yaml_2.3.5      fastmap_1.1.0   compiler_4.2.1  htmltools_0.5.3
#> [21] knitr_1.39      sass_0.4.2  

Algumas vezes o R pode emitir avisos warning sinalizando que seu pacote está desatualizado para uso. Quando isso ocorrer você pode atualizar as versões de pacotes clicando no botão Update na aba Packages (Figura 14), apresentada anteriormente. Uma janela similar à imagem abaixo será aberta.

Figura 14: Tela de atualização da versão de um pacote (Update Packages).

Ainda nesta tela clique no botão Select All (selecionar todos) e, em seguida, clique em Install Updates (em português Instalar Atualizações) para instalar todas as atualizações.